ネヘミヤは仕事が一段落すると、またペルシャに戻って王に仕えます。そしてネヘミヤが十二年後に、再びエルサレムに戻ってみると、そこにはとても悲しい現実がありました。大祭司エルヤシブが城壁の再建の時にもさんざんイスラエルの民を悩ましたトビヤと親密になり、神殿の中にトビヤの部屋まで用意していました。レビ人たちには決められた報酬が与えられず、彼らは自分の職務から離れて畑仕事に専念するようになってしまっていました。安息日が守られなくなっていました。また異教の他国人との結婚が行われていました。主の前になされた誓約がないがしろにされていたのです。
まさにネヘミヤは大きな嘆きをもってこのことを記しています。そして、ネヘミヤはふさわしい人々を立てて、もう一度律法の書に示された神の御旨に従って生きるべきことを教え、また改革を行っていったのでした。ネヘミヤは誠意をもって、祈りのうちにこのことを行いました。